Το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας ήταν το πρώτο που ίδρυσε Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών. Το πρόγραμμα αυτό λειτούργησε επίσημα από το 1994 έως το 2021 και είχε εννέα κατευθύνσεις. Πλέον λειτουργούν τέσσερα μονοτμηματικά (ΠΜΣ), δύο διατμηματικά (ΔΠΜΣ) και δύο διιδρυματικά (ΔΠΜΣ) προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών. Η διδασκαλία γίνεται στην ελληνική ή την αγγλική γλώσσα.