Η Πανεπιστημιακή ανασκαφή της αρχαίας Αλάσαρνας στην Καρδάμαινα της Κω διεξάγεται από το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών από το 1985 (εικ. 1), κατά παραχώρηση από την τότε ΚΒ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων Δωδεκανήσου, μετά τη σωστική ανασκαφή που διενεργήθηκε λόγω καταστροφής στον χώρο από ιδιώτες. Ξεκίνησε από πέντε νεαρές λέκτορες Αρχαιολογίας και συνεχίζεται μέχρι σήμερα από τις ομότιμες καθηγήτριες Γεωργία Κοκκορού-Αλευρά (Κλασικής Αρχαιολογίας), Σοφία Καλοπίση-Βέρτη και Μαρία Παναγιωτίδη-Κεσίσογλου (Βυζαντινής Αρχαιολογίας) και τον επίκουρο καθηγητή Νικόλα Δημάκη (Κλασικής Αρχαιολογίας). Στο πρόγραμμα συνεργάζονται μεταδιδακτορικοί ερευνητές, διδάκτορες, υποψήφιοι διδάκτορες και μεταπτυχιακοί φοιτητές Αρχαιολογίας ενώ συμμετέχει ετησίως μεγάλος αριθμός προπτυχιακών φοιτητών. Συστηματική είναι η συνεργασία της ανασκαφικής ομάδας με ειδικούς άλλων επιστημών και με αναγνωρισμένα ερευνητικά κέντρα (ΕΚΕΦΕ «Δημόκριτος», «Κέντρο Λίθου» του ΥΠΠΟ και άλλα) για τις διεπιστημονικές προσεγγίσεις των ευρημάτων.
Η ανασκαφή ως τώρα (εικ. 2, εικ. 3) έχει αποκαλύψει πέντε μνημειακά κτήρια των Ελληνιστικών χρόνων, τα Κτήρια Α και Β, αβέβαιης χρήσης, το ναϊκό Κτήριο Γ, που πιθανόν ταυτίζεται με το ναό του ιερού του Απόλλωνα Πυθαίου/Πυθαέως, τον περίβολο Ε και το στωικό Κτήριο Ζ (εικ. 4), καθώς και το ρωμαϊκών χρόνων ναϊκό Κτήριο Δ (εικ. 5). Μαζί με τα κτήρια έχουν έρθει στο φως ένας πολύ σημαντικός αριθμός επιγραφών (εικ. 6), θραύσματα μαρμάρινων αγαλμάτων και αγαλματίων (εικ. 7), τμήματα πήλινων ειδωλίων (εικ. 8, εικ. 9) και λύχνων (εικ. 10), έργα λιθοτεχνίας, ανάμεσά τους ένας μεγάλος αριθμός μυλόπετρες, θραύσματα υάλινων αντικειμένων, σπαράγματα τοιχογραφημένων κονιαμάτων, σχίζες οστών ζώων, όστρεα και πληθώρα οστράκων χρηστικής, κυρίως αμφορέων, και διακοσμημένης κεραμικής, από τα αρχαϊκά μέχρι και τα υστερορωμαϊκά χρόνια, ενώ δεν λείπουν και λίγα διάσπαρτα ευρήματα πρωιμότερων εποχών.
Πάνω στο ιερό, ήδη από τον 4ο αι. μ.Χ., οικοδομήθηκαν οικίες (εικ. 11), εργαστήρια και ένα ταφικό κτήριο (εικ. 12) που αποτέλεσαν μέρος ενός από τους πυρήνες του πρώιμου βυζαντινού οικισμού, ο οποίος, σύμφωνα με την έρευνα επιφανείας που διεξήγαγε και πάλι το Πανεπιστήμιο Αθηνών στην ευρύτερη περιοχή (2004-2007), εκτεινόταν, οργανωμένος σε συστάδες, κατά μήκος της μαγευτικής ακτής της Καρδάμαινας, πάνω στον δρόμο για την Κωνσταντινούπολη, γνωρίζοντας τουλάχιστον δύο μεγάλες φάσεις ανάπτυξης, μία τον 5ο-6ο και μία τον 6ο-7ο αι. μ.Χ. Και πάλι, μαζί με τα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα έχει αποκαλυφθεί πλήθος κινητών ευρημάτων, κυρίως θραύσματα αμφορέων και αγγείων χρηστικής και λεπτής κεραμικής (εικ. 13), αλλά και άλλα, όπως έργα μικροτεχνίας, μεταλλικά αντικείμενα (εικ. 14) και νομίσματα, τμήματα λύχνων και υάλινων αντικειμένων, σπαράγματα τοιχογραφημένων κονιαμάτων και άλλα.
Εκτός του ερευνητικού στόχου, ένας βασικός σκοπός της ανασκαφής είναι η εκπαίδευση των φοιτητών στην ανασκαφική μέθοδο (εικ. 15), τις εργασίες πεδίου και τις πρώτες μετα-ανασκαφικές εργασίες. Έτσι, στην ανασκαφή έχουν εκπαιδευτεί περί τις 2.500 φοιτητών από το ΕΚΠΑ και από άλλα πανεπιστήμια του εσωτερικού και του εξωτερικού. Χαρακτηριστικό είναι ότι από το 1985 έως το 2015 έχουν συμμετάσχει στην ανασκαφή 35 ξένοι φοιτητές από 15 χώρες, πολλοί από τους οποίους εργάζονται σήμερα στην Αρχαιολογική Υπηρεσία ή διδάσκουν σε πανεπιστημιακά τμήματα Αρχαιολογίας της Ελλάδας και του εξωτερικού. Με υλικό από την ανασκαφή έχουν εκπονηθεί αρκετές μεταπτυχιακές και διπλωματικές εργασίες και τέσσερις διδακτορικές διατριβές. Οι καθηγήτριες και οι συνεργάτες τους έχουν δημοσιεύσει περισσότερες από 100 μονογραφίες, άρθρα και ανασκαφικές εκθέσεις (εικ. 16). Ανάμεσα στις δημοσιεύσεις ξεχωρίζει η συστηματική, κατά τόμους, έκδοση των ευρημάτων στη σειρά ΑΛΑΣΑΡΝΑ, που αριθμεί μέχρι στιγμής επτά τόμους (εικ. 17), καθώς και ο τόμος των Πρακτικών Συνεδρίου του 2017 στην Κω, στον οποίο παρουσιάζονται τα πιο πρόσφατα συμπεράσματα και συνοπτικά οι κατηγορίες των ανασκαφικών ευρημάτων. Η ανασκαφική ομάδα έχει δώσει πλήθος διαλέξεων και ανακοινώσεων στην Ελλάδα και το εξωτερικό, ενώ συχνή είναι η παρουσία της στην τοπική κοινωνία και ιδίως στα σχολεία της περιοχής, άλλοτε διά ζώσης (εικ. 18) και άλλοτε διαδικτυακά.
Αντικείμενο συστηματικής έρευνας από την ανασκαφική ομάδα αποτελεί επιπλέον και το ανασκαφικό αρχείο (εικ. 19), αποτελούμενο από πλήθος τεκμηρίων, ημερολογίων, ευρετηρίων, εγγράφων, σχεδίων και φωτογραφιών, το οποίο, εκτός από την προφανή αρχαιολογική του αξία, αποτελεί μια σημαντική περίπτωση μελέτης της ιστορίας της Αρχαιολογίας στην Ελλάδα (εικ. 20).
Η ανασκαφή χρηματοδοτείται τακτικά από το Υπουργείο Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής.