Το Πλάσι βρίσκεται στο κέντρο της μεγάλης και εύφορης πεδιάδας του Μαραθώνα, δίπλα στην ακτή, περίπου 1500 μέτρα βορειοανατολικά του Τύμβου του Μαραθώνα και 2000 μέτρα νοτιοδυτικά του Τροπαίου της μάχης. Πρόκειται για χαμηλό λοφίσκο ανάμεσα στην κοίτη του χειμάρρου Χαράδρα, στα ανατολικά, και του ρέματος Σκούπα στα δυτικά. Ο λόφος έχει υψόμετρο μόλις 4 μέτρων και έχει σχηματιστεί από τα αλλεπάλληλα στρώματα πολλών διαδοχικών φάσεων ανθρώπινης δραστηριότητας.