Ο Γιάννης Παπαδάτος είναι πτυχιούχος Αρχαιολογίας του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας του ΕΚΠΑ (1994). Έλαβε το διδακτορικό του δίπλωμα στην Προϊστορική Αρχαιολογία από το Πανεπιστήμιο του Sheffield (1999). Πριν την εκλογή του στο ΕΚΠΑ (2007) εργάσθηκε ως μεταδιδακτορικός ερευνητής στο Πανεπιστήμιο του Sheffield (2001-2), και ως συμβασιούχος αρχαιολόγος στην Ελληνική Αρχαιολογική Υπηρεσία (2002-7). Από το 2002 είναι σύμβουλος καθηγητής στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο. Διευθύνει χρηματοδοτούμενα ερευνητικά προγράμματα, διεξάγοντας ανασκαφές και άλλες αρχαιολογικές έρευνες πεδίου στην Ανατολική Κρήτη και το Μαραθώνα. Έχει συγγράψει 2 μονογραφίες, έχει επιμεληθεί 3 συλλογικούς τόμους και έχει δημοσιεύσει πάνω από 40 άρθρα και κεφάλαια σε ελληνικά και διεθνή περιοδικά, συλλογικούς τόμους και πρακτικά συνεδρίων. Έχει διοργανώσει 4 διεθνή συνέδρια στην Αγγλία, την Κύπρο και την Ελλάδα, και έχει συμμετάσχει σε πάνω από 70 ελληνικά και διεθνή συνέδρια και συμπόσια με προφορικές ανακοινώσεις. 

Στα ερευνητικά του ενδιαφέροντα περιλαμβάνονται ο Πρωτοκυκλαδικός Πολιτισμός, η Μινωική Κρήτη, η Ταφική Αρχαιολογία, η Αρχαιολογία των Βουνών, οι τέχνες και η τεχνολογία των προϊστορικών πολιτισμών του Αιγαίου, καθώς και οι εφαρμογές των φυσικών επιστημών και των ψηφιακών εργαλείων στην αρχαιολογία.

Είναι διευθυντής (α) της Πανεπιστημιακής Ανασκαφής του ΕΚΠΑ στο Πλάσι Μαραθώνα, (β) της ανασκαφής του ορεινού μινωικού κτηρίου στον Γαϊδουροφά Ιεράπετρας, (γ) της επιφανειακής έρευνας στη ΝΑ Δίκτη Λασιθίου, και συνδιευθυντής (με την Χρ. Σοφιανού) (α) της ανασκαφής των μινωικών ιερών κορυφής στο Σταυρωμένο και την Παντοτινού Κορυφή Ιεράπετρας, και (β) της επιφανειακής έρευνας Ιεράπετρας. 

Έχει διατελέσει Διευθυντής του Τομέα Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης του ΕΚΠΑ (2021-2023), και Διευθυντής της Ομάδας Εσωτερικής Αξιολόγησης του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας (2020-2023). Είναι διευθυντής του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Μουσειακές Σπουδές» και του Ξενόγλωσσου Προγράμματος Μεταπτυχιακών σπουδών «MSc in Archaeological Science».