Ο Νίκος Γιαννακόπουλος έχει διδάξει Αρχαία Ιστορία στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (2006-2018) και από τον Ιανουάριο του 2018 διδάσκει Αρχαία Ιστορία στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα και οι δημοσιεύσεις του αφορούν την ελληνική πόλιν κατά τους Ρωμαϊκούς Χρόνους (θεσμοί, πολιτική, κοινωνία),  την περιοχή της Εύβοιας κατά την Ελληνιστική και την Αυτοκρατορική εποχή, την τήρηση της τάξης και το έγκλημα στη Ρωμαϊκή Ανατολή και την πρόσληψη της Κλασσικής Εποχής κατά τους Ρωμαϊκούς Χρόνους. Έχει συμμετάσχει στην κατάρτιση των ευρετηρίων του Bulletin Epigraphique (2005) και του ηλεκτρονικού Inventory of Ancient Associations (2020).
 

Σημαντικές δημοσιεύσεις:

•  «Preserving the Pax Romana: The Peace Functionaries in the Roman East», Mediterraneo Antico, VI 2, 2003, 825-906.

•  «Remarks on the Honorary Titles υἱὸς βουλῆς, υἱὸς δήμου and υἱὸς πόλεως in Roman Asia Minor», in: A. D. Rizakis, Fr. Camia (eds.), Pathways to Power. Civic elites in the Eastern Part of the Roman Empire, Athens 2008, 251-268.

•  Ο Θεσμός της Γερουσίας των ελληνικών πόλεων κατά τους ρωμαϊκούς χρόνους, Θεσσαλονίκη 2008 .

•  Θεσμοί και λειτουργία των πόλεων της Εύβοιας κατά τους ελληνιστικούς και τους αυτοκρατορικούς χρόνους, Θεσσαλονίκη 2012.

•  «The Treatment of the Battle of Marathon in the Literary Tradition of the Imperial Period» σε: K. Buraselis – E. Koulakiotis (eds.), Marathon: the Day After, Symposium Proceedings, Delphi 2-4 July 2010, European Cultural Centre of Delphi 2013, 185-199.

•  «Groups and Associations in Bithynia and Pontus: Interaction with prominent Statesmen and Provincial Governors», σε B. Takmer – E. Akdoğu Arca – N. Gökalp Özdil (eds.), Vir doctus Anatolicus. Studies in Memory of Sencer Şahin, Istanbul 2016, 364-387

•  «Decrees awarding offices for life and by hereditary right as honours» σε: O. Van Nijf – A. Heller (eds.), The Politics of Honour in the Greek Cities of the Roman Empire, Leiden 2017, 220-242.

•  «Euboian Unity in the 2nd Century BCE and the Chalcidian Embassy at Amarynthos: The Limits of Roman-sponsored Federalism», σε: H. Beck - K. Buraselis - A. McAuley (eds), Ethnos and Koinon. Studies in Ancient Greek Ethnicity and Federalism, Stuttgart 2019, 113-130.

•  «Admission Procedures and Fiancial Contributions in Private Associations: Norms and Deviations», σε V. Gabrielsen – M. Paganini (eds.), Private Associations in the Ancient Greek World. Regulations and the Creation of Group Identity, Cambridge 2021, 39-62.